A história da cidade remonta a um primitivo assentamento bandeirante erguido em uma área habitada originalmente por indígenas Paiaiás, posteriormente catequizados pelos jesuítas, que construíram no local a primeira igreja da região. O povoado foi inicialmente edificado em 1765 pelos fundadores, os bandeirantes João Guaramacho e Garibão, que o denominaram Arraial de Nossa Senhora da Saúde, em referência ao clima e salubridade da região.

O Arraial esteve subordinado a Jacobina até 06/07/1914, quando, pela Lei Estadual 1.024, emancipou-se e passou a se chamar Município de Saúde. Em 08/07/1931, o município foi extinto e novamente anexado a Jacobina pelo Decreto Estadual 7.479, retornando dois anos depois à categoria de município pelo Decreto Estadual 8.463 de 01/06/1933. Na década de 60, Saúde sofreu dois desmembramentos de território, quando se tornaram independentes os municípios de Mirangaba (1961) e Caldeirão Grande (1962).